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Analyse von Genexpressionsdaten

mit R und Bioconductor

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197
Language:  German
Diese eBook bietet eine Einführung in die Verwendung von R und Bioconductor für die Analyse von Mikroarray-Daten. Der Autor beschreibt unter anderem die Arraytechnologien von Affymetrix und Illumina.
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Description
Content

Das Buch bietet eine Einführung in die Verwendung von R und Bioconductor für die Analyse von Mikroarray-Daten. Es werden die Arraytechnologien von Affymetrix und Illumina ausführlich behandelt. Darüber hinaus wird auch auf andere Arraytechnologien eingegangen. Alle notwendigen Schritte beginnend mit dem Einlesen der Daten und der Qualitätskontrolle über die Vorverarbeitung der Daten bis hin zur statistischen Analyse sowie der Enrichment Analyse werden besprochen. Jeder der Schritte wird anhand einfacher Beispiele praktisch vorgeführt, wobei der im Buch verwendete R-Code separat zum Download bereitsteht.

  • Abbildungsverzeichnis
  • Tabellenverzeichnis
  • Vorwort

  1. Software
    1. Statistiksoftware R
    2. Bioconductor
  2. Datenimport
    1. Affymetrix
    2. Illumina
    3. Andere Arraytechnologien
  3. Qualitätskontrolle
    1. Affymetrix
    2. Illumina
    3. Andere Arraytechnologien
  4. Vorverarbeitung
    1. Affymetrix
    2. Illumina
    3. Andere Arraytechnologien
  5. Statistische Analyse
    1. SAM
    2. Limma
  6. Enrichment Analyse
  7. Verwendete Softwareversionen
  8. Literaturverzeichnis
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Matthias Kohl