Analyse von Genexpressionsdaten
Matthias Kohl ist Professor für Mathematik in Biology und Medicin und leitet das Masterprogramm “Medical Diagnostic Technologies (M.Sc.)” an der Hochschule Furtwangen. Er hat mehr als zehn Jahre Forschungserfahrung auf den Gebieten Robuste Statistik, Computergestützte Statistik, Biostatistik und stati...
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Das Buch bietet eine Einführung in die Verwendung von R und Bioconductor für die Analyse von Mikroarray-Daten. Es werden die Arraytechnologien von Affymetrix und Illumina ausführlich behandelt. Darüber hinaus wird auch auf andere Arraytechnologien eingegangen. Alle notwendigen Schritte beginnend mit dem Einlesen der Daten und der Qualitätskontrolle über die Vorverarbeitung der Daten bis hin zur statistischen Analyse sowie der Enrichment Analyse werden besprochen. Jeder der Schritte wird anhand einfacher Beispiele praktisch vorgeführt, wobei der im Buch verwendete R-Code separat zum Download bereitsteht.
Abbildungsverzeichnis
Tabellenverzeichnis
Vorwort
- Software
- Statistiksoftware R
- Bioconductor
- Datenimport
- Affymetrix
- Illumina
- Andere Arraytechnologien
- Qualitätskontrolle
- Affymetrix
- Illumina
- Andere Arraytechnologien
- Vorverarbeitung
- Affymetrix
- Illumina
- Andere Arraytechnologien
- Statistische Analyse
- SAM
- Limma
- Enrichment Analyse
- Verwendete Softwareversionen
- Literaturverzeichnis