Analyse von Genexpressionsdaten

mit R und Bioconductor

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197 pages
Sprache:
 German
Diese eBook bietet eine Einführung in die Verwendung von R und Bioconductor für die Analyse von Mikroarray-Daten. Der Autor beschreibt unter anderem die Arraytechnologien von Affymetrix und Illumina.
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Über den Autor

Matthias Kohl ist Professor für Mathematik in Biology und Medizin und leitet das Masterprogramm “Precision Medicine Diagnostics (M.Sc.)” an der Hochschule Furtwangen. Er ist Mitglied des Institute of Precision Medicine und des Baden-Württemberg Center of Applied Research (BW-CAR). Er hat mehr als 15 J...

Description
Content

Das Buch bietet eine Einführung in die Verwendung von R und Bioconductor für die Analyse von Mikroarray-Daten. Es werden die Arraytechnologien von Affymetrix und Illumina ausführlich behandelt. Darüber hinaus wird auch auf andere Arraytechnologien eingegangen. Alle notwendigen Schritte beginnend mit dem Einlesen der Daten und der Qualitätskontrolle über die Vorverarbeitung der Daten bis hin zur statistischen Analyse sowie der Enrichment Analyse werden besprochen. Jeder der Schritte wird anhand einfacher Beispiele praktisch vorgeführt, wobei der im Buch verwendete R-Code separat zum Download bereitsteht.

Abbildungsverzeichnis

Tabellenverzeichnis

Vorwort

  1. Software
    1. Statistiksoftware R
    2. Bioconductor
  2. Datenimport
    1. Affymetrix
    2. Illumina
    3. Andere Arraytechnologien
  3. Qualitätskontrolle
    1. Affymetrix
    2. Illumina
    3. Andere Arraytechnologien
  4. Vorverarbeitung
    1. Affymetrix
    2. Illumina
    3. Andere Arraytechnologien
  5. Statistische Analyse
    1. SAM
    2. Limma
  6. Enrichment Analyse
  7. Verwendete Softwareversionen
  8. Literaturverzeichnis