Analyse von Genexpressionsdaten
mit R und Bioconductor
Matthias Kohl ist Professor für Mathematik in Biology und Medizin und leitet das Masterprogramm “Precision Medicine Diagnostics (M.Sc.)” an der Hochschule Furtwangen. Er ist Mitglied des Institute of Precision Medicine und des Baden-Württemberg Center of Applied Research (BW-CAR). Er hat mehr al
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Das Buch bietet eine Einführung in die Verwendung von R und Bioconductor für die Analyse von Mikroarray-Daten. Es werden die Arraytechnologien von Affymetrix und Illumina ausführlich behandelt. Darüber hinaus wird auch auf andere Arraytechnologien eingegangen. Alle notwendigen Schritte beginnend mit dem Einlesen der Daten und der Qualitätskontrolle über die Vorverarbeitung der Daten bis hin zur statistischen Analyse sowie der Enrichment Analyse werden besprochen. Jeder der Schritte wird anhand einfacher Beispiele praktisch vorgeführt, wobei der im Buch verwendete R-Code separat zum Download bereitsteht.
Abbildungsverzeichnis
Tabellenverzeichnis
Vorwort
- Software
- Statistiksoftware R
- Bioconductor
- Datenimport
- Affymetrix
- Illumina
- Andere Arraytechnologien
- Qualitätskontrolle
- Affymetrix
- Illumina
- Andere Arraytechnologien
- Vorverarbeitung
- Affymetrix
- Illumina
- Andere Arraytechnologien
- Statistische Analyse
- SAM
- Limma
- Enrichment Analyse
- Verwendete Softwareversionen
- Literaturverzeichnis