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Analyse von Genexpressionsdaten

mit R und Bioconductor

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Language:  German
Diese eBook bietet eine Einführung in die Verwendung von R und Bioconductor für die Analyse von Mikroarray-Daten. Der Autor beschreibt unter anderem die Arraytechnologien von Affymetrix und Illumina.
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Beschreibung
Inhalt

Das Buch bietet eine Einführung in die Verwendung von R und Bioconductor für die Analyse von Mikroarray-Daten. Es werden die Arraytechnologien von Affymetrix und Illumina ausführlich behandelt. Darüber hinaus wird auch auf andere Arraytechnologien eingegangen. Alle notwendigen Schritte beginnend mit dem Einlesen der Daten und der Qualitätskontrolle über die Vorverarbeitung der Daten bis hin zur statistischen Analyse sowie der Enrichment Analyse werden besprochen. Jeder der Schritte wird anhand einfacher Beispiele praktisch vorgeführt, wobei der im Buch verwendete R-Code separat zum Download bereitsteht.

  • Abbildungsverzeichnis
  • Tabellenverzeichnis
  • Vorwort

  1. Software
    1. Statistiksoftware R
    2. Bioconductor
  2. Datenimport
    1. Affymetrix
    2. Illumina
    3. Andere Arraytechnologien
  3. Qualitätskontrolle
    1. Affymetrix
    2. Illumina
    3. Andere Arraytechnologien
  4. Vorverarbeitung
    1. Affymetrix
    2. Illumina
    3. Andere Arraytechnologien
  5. Statistische Analyse
    1. SAM
    2. Limma
  6. Enrichment Analyse
  7. Verwendete Softwareversionen
  8. Literaturverzeichnis
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Matthias

Matthias Kohl

Matthias Kohl ist Professor für Mathematik in Biology und Medizin und leitet das Masterprogramm “Precision Medicine Diagnostics (M.Sc.)” an der Hochschule Furtwangen. Er ist Mitglied des Institute of Precision Medicine und des Baden-Württemberg Center of Applied Research (BW-CAR). Er hat mehr als 15 Jahre Forschungserfahrung auf den Gebieten Robuste Statistik, Statistisches Lernen, Biostatistik und statistische Bioinformatik. In den vergangenen Jahren war er an vielen klinischen und experimentellen Studien sowie F&E Projekten beteiligt. Er ist Autor von mehr als 80 wissenschaftlichen (peer-reviewed) Artikeln, mehr als 20 Erweiterungspaketen für die Statistiksoftware R, drei Erweiterungspaketen für die Bioconductor Software und sieben Patenten / Patentanmeldungen.

Fachgebiete:

(Bio-)Statistik, Bioinformatik, Statistisches (maschinelles) Lernen, Robuste Statistik

Ausbildung:

Mathematikstudium (Nebenfach Informatik) an der Universität Bayreuth

Promotion in Robuster Statistik an der Universität Bayreuth (summa cum laude)

Werdegang:

Wissenschaftlicher Mitarbeiter (Universität Bayreuth, Universitätsklinikum Jena)

Freiberuflicher statistischer und mathematischer Berater

Head of Biostatistics bei SIRS-Lab GmbH (Jena)

Aktuell:

Leiter des Steinbeistransferzentrums "Personalisierte Medizin"

Professor für Mathematik in Biologie und Medizin an der Hochschule Furtwangen, Fakultät Medical and Life Sciences