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Analyse von Genexpressionsdaten

mit R und Bioconductor

Analyse von Genexpressionsdaten
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ISBN: 978-87-403-0349-0
1. Auflage
Seiten : 197
Preis: Kostenlos

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Beschreibung

Diese eBook bietet eine Einführung in die Verwendung von R und Bioconductor für die Analyse von Mikroarray-Daten. Der Autor beschreibt unter anderem die Arraytechnologien von Affymetrix und Illumina.

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Über das Buch

  1. Beschreibung
  2. Inhalt
  3. Über den Autor
  4. Einbinden

Beschreibung

Das Buch bietet eine Einführung in die Verwendung von R und Bioconductor für die Analyse von Mikroarray-Daten. Es werden die Arraytechnologien von Affymetrix und Illumina ausführlich behandelt. Darüber hinaus wird auch auf andere Arraytechnologien eingegangen. Alle notwendigen Schritte beginnend mit dem Einlesen der Daten und der Qualitätskontrolle über die Vorverarbeitung der Daten bis hin zur statistischen Analyse sowie der Enrichment Analyse werden besprochen. Jeder der Schritte wird anhand einfacher Beispiele praktisch vorgeführt, wobei der im Buch verwendete R-Code separat zum Download bereitsteht.

Inhalt

Abbildungsverzeichnis

Tabellenverzeichnis

Vorwort

  1. Software
    1. Statistiksoftware R
    2. Bioconductor
  2. Datenimport
    1. Affymetrix
    2. Illumina
    3. Andere Arraytechnologien
  3. Qualitätskontrolle
    1. Affymetrix
    2. Illumina
    3. Andere Arraytechnologien
  4. Vorverarbeitung
    1. Affymetrix
    2. Illumina
    3. Andere Arraytechnologien
  5. Statistische Analyse
    1. SAM
    2. Limma
  6. Enrichment Analyse
  7. Verwendete Softwareversionen
  8. Literaturverzeichnis

Über den Autor

Matthias Kohl, Prof. Dr. rer. nat., Jahrgang 1973

Fachgebiete:

(Bio-)Statistik, Bioinformatik, computergestützte Statistik, robuste Statistik

Ausbildung:

1994-2000 Mathematikstudium an der Universität Bayreuth

2000-2005 Promotion in Mathematischer Statistik an der Universität Bayreuth (summa cum laude)

Werdegang:

10/2000-03/2005 Wissenschaftlicher Mitarbeiter an der Universität Bayreuth

04/2005-04/2006 Freiberuflicher statistischer und mathematischer Berater

03/2006-09/2007 Head of Biostatistics bei SIRS-Lab GmbH (Jena)

10/2007-01/2008 Vertretungsprofessor und Lehrstuhlvertretung für Mathematische Statistik an der Universität Bayreuth

02/2008-03/2010 Akademischer Rat a.Z. am Lehrstuhl für Stochastik der Universität Bayreuth

03/2010-09/2010 Akademischer Rat a.Z. und leitender Biometriker der Klinik für Anästhesiologie und Intensivtherapie des Universitätsklinikums Jena

seit 10/2007 Statistischer und mathematischer Berater in freiberuflicher Nebentätigkeit

seit 10/2010 Professor für Mathematik in Biologie und Medizin an der Hochschule Furtwangen, Fakultät Medical and Life Sciences

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