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Analyse von Genexpressionsdaten

mit R und Bioconductor

Analyse von Genexpressionsdaten
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ISBN: 978-87-403-0349-0
1. Auflage
Seiten : 197
  • Preis: 39,99 kr
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Über das Buch

  1. Beschreibung
  2. Inhalt
  3. Über den Autor

Beschreibung

Das Buch bietet eine Einführung in die Verwendung von R und Bioconductor für die Analyse von Mikroarray-Daten. Es werden die Arraytechnologien von Affymetrix und Illumina ausführlich behandelt. Darüber hinaus wird auch auf andere Arraytechnologien eingegangen. Alle notwendigen Schritte beginnend mit dem Einlesen der Daten und der Qualitätskontrolle über die Vorverarbeitung der Daten bis hin zur statistischen Analyse sowie der Enrichment Analyse werden besprochen. Jeder der Schritte wird anhand einfacher Beispiele praktisch vorgeführt, wobei der im Buch verwendete R-Code separat zum Download bereitsteht.

Inhalt

Abbildungsverzeichnis

Tabellenverzeichnis

Vorwort

  1. Software
    1. Statistiksoftware R
    2. Bioconductor
  2. Datenimport
    1. Affymetrix
    2. Illumina
    3. Andere Arraytechnologien
  3. Qualitätskontrolle
    1. Affymetrix
    2. Illumina
    3. Andere Arraytechnologien
  4. Vorverarbeitung
    1. Affymetrix
    2. Illumina
    3. Andere Arraytechnologien
  5. Statistische Analyse
    1. SAM
    2. Limma
  6. Enrichment Analyse
  7. Verwendete Softwareversionen
  8. Literaturverzeichnis

Über den Autor

Matthias Kohl ist Professor für Mathematik in Biology und Medicin und leitet das Masterprogramm “Medical Diagnostic Technologies (M.Sc.)” an der Hochschule Furtwangen. Er hat mehr als zehn Jahre Forschungserfahrung auf den Gebieten Robuste Statistik, Computergestützte Statistik, Biostatistik und statistische Bioinformatik. In den vergangenen Jahren war er an vielen klinischen und experimentellen Studien sowie F&E Projekten beteiligt. Er ist Autor von mehr als 50 peer-reviewed Artikeln, 19 Erweiterungspaketen für die Statistiksoftware R, drei Erweiterungspaketen für die Bioconductor Software und sieben Patenten / Patentanmeldungen.

Fachgebiete:

(Bio-)Statistik, Bioinformatik, computergestützte Statistik, robuste Statistik

Ausbildung:

1994-2000 Mathematikstudium an der Universität Bayreuth

2000-2005 Promotion in Mathematischer Statistik an der Universität Bayreuth (summa cum laude)

Werdegang:

10/2000-03/2005 Wissenschaftlicher Mitarbeiter an der Universität Bayreuth

04/2005-04/2006 Freiberuflicher statistischer und mathematischer Berater

03/2006-09/2007 Head of Biostatistics bei SIRS-Lab GmbH (Jena)

10/2007-01/2008 Vertretungsprofessor und Lehrstuhlvertretung für Mathematische Statistik an der Universität Bayreuth

02/2008-03/2010 Akademischer Rat a.Z. am Lehrstuhl für Stochastik der Universität Bayreuth

03/2010-09/2010 Akademischer Rat a.Z. und leitender Biometriker der Klinik für Anästhesiologie und Intensivtherapie des Universitätsklinikums Jena

seit 10/2007 Statistischer und mathematischer Berater in freiberuflicher Nebentätigkeit

seit 10/2010 Professor für Mathematik in Biologie und Medizin an der Hochschule Furtwangen, Fakultät Medical and Life Sciences

http://www.stamats.de/aboutme.htm

http://www.hs-furtwangen.de/kontakte/322-matthiaskohl.html

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